在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

探析结果显示

1、从光敏激发细胞核中获取DNA热塑蛋白酶质

要为离心式分离光交连高蛋清质-DNA软型物在LC-MS浅析，著者开发设计一堆种男变女纯化预案，可从DNA中除掉非是交连高蛋清质，仅在照晒时经过会什么是基因组接触的面积含有DNA交连高蛋清质。用TRIZOL提炼染色剂质并除掉逮捕获的非交连高蛋清，随后将其继续容解以参与RNase助肠蠕动。经过超声波、剪切得到的高蛋清质交连DNA的提炼物，在硫氰酸胍中烧开男变女，并在二脱色硅离心式柱上激动洗涤剂以除掉非是交连高蛋清质终会搞定。经过核酸酶外理从DNA中移除光交连高蛋清，并参与胰高蛋清酶助肠蠕动在LC-MS浅析。该技术排序为高蛋清质交连DNA提炼或XDNAX。

图1.球高蛋白化学交联DNA取出或XDNAX方案图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可简单接触性DNA的脂肪酸质图谱

将光交连方式方法技术应用于MCF7神经内部，发觉了1,805种获选淀粉酶质，这当中1,191种会有于3个或更高次重叠中。60%的DNA上下级用途组带异核酸根据在一起的GO注音，在较弱核酸根据在一起注音的淀粉酶质质中，大的供献来自于核纤层淀粉酶质，前者是参于固色质机构和神经内部分列的淀粉酶质质（图2）。

图2 . 可间接碰触 DNA 的蛋清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结范文了DNA间接用组所隐藏的核营养素-DNA操作界面十分带有的核苷酸化学交联肽。这包扩仍然（1）球状DNA构建构成域、（2）DNA 构建混乱区（IDR）和（3）仍然与另外的核营养素（举个例子组核营养素构建核营养素）、RNA（举个例子剪接系数）或相分离出来区室（举个例子核仁核营养素）间接用而导至的环保达到。

图3 . 可一直相处 DNA的结构类型域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、定量分析细胞核扰动期間与DNA搭配的转录分子

雌肾上腺素多巴胺受体α（ESR1）驻放在胞质溶胶中，等到遇着其配体，重置易位到体细胞系系核，在绿中岛别墅它与表观遗传组中的指定行政区域紧密联系以激发指定的转录程序流程图。将血清饥饿的MCF7体细胞系系裸漏于高残留量雌肾上腺素（10 nM 17β-雌二醇）4五1四分钟，与虚拟治理 的参考体细胞系系比效他们的DNA主动功效组（图4A）。中仅，雌肾上腺素热血后DNA主动功效组中的ESR1增大了30倍（图4B）。总的策略而言，在1,814个按量的核蛋白酶质-DNA主动功效中，约有9%信息显示出不低于2倍的显著性变迁，并留意到与ESR1具备主动功效的核蛋白酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌皮质激素净化处理乳房增生癌血细胞 DNA 相互之间的作用组的酶联免疫法很（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

实验加入人类遗传基因组的球胆固醇以详细了解它是该怎样被导入并付诸应用的，一直都是深入分析能力人员一两个长期的的向往。人类遗传基因组可及性重点以DNA为中心局的方面开始实验，不过，到当今结束，染料质妇科凝胶中的些什么球胆固醇与DNA 有物理性互不之间做用尚不明白。用到零差距光热塑，可看见DNA互不之间做用组中的大都数球胆固醇，XDNAX能力将是 球胆固醇-DNA互不之间做用实验的強大生产工具。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的血清质组学、呈现组学、细胞代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

基准医学文献：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.