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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > wifi网络药理学学阐释草酸钙肾结石氧化的应激性和慢性炎症问题管理机制

网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿设计最喜欢见的重大疾病产品之一。肾策划 中CaOx多晶体过饱和基性岩会影响肾小管细胞膜损坏和凋亡,于是影响肾结石的确立。短链脂质堆积酸由肠胃内厌氧发醇真菌发醇合理膳食棉纤维造成,不止在线条肠胃障壁中展现出目的,还在设计质量上也展现出最为关键的目的。但其中,丁酸是最多种多样的短链脂质堆积酸,极具消除炎症和天然免疫可抑制目的,本论述探究丁酸对CaOx肾结石的目的极其潜在的靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山专科医院泌尿五官科吴忠院士、周子健医学博士于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠讲解、周子健医生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱微生物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了数据网络药学学精准服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

优秀文章明称:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 的客户厂家:华山医院门诊 深入分析群体:大鼠、HK-2受损细胞 分组进行讯息:比组(Con)、建模 组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱能提供技能:网络上药理学学论文检测

难点方法图

研发的结果

理论分析员工首要建设方案大鼠仿真3d绘图,确认内分泌系统生物化依据和团队病理学学染料等理论分析法律手段发现了丁酸能够 少CaOx仿真3d绘图大鼠肾CaOx结晶的造成和板材损害,减少CaOx仿真3d绘图大鼠的真菌感染板材损害和腐蚀的物质的无限展示。不但,丁酸还可仰制草酸促进的HK-2组织板材损害、腐蚀应激反应和组织凋亡。 为探究丁酸组成部分和靶人类什么是什么是染色体在线,探究职工从PubChem添加丁酸和丁酸酯的二维和三维立体组成部分(图1A)。用PharmMapper数值资料库和Uniprot数值资料库治理后共需求出11九个丁酸靶人类什么是什么是染色体供进1步介绍。将人类什么是什么是染色体下拉列表导进STRING数值资料库,进行PPI在线介绍。Cytoscape分享了去重复的前20的交通核心区靶人类什么是什么是染色体的仔细在线图,并且CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。这部分交通核心区人类什么是什么是染色体与在线中的另外的人类什么是什么是染色体均行为 出必然的关于性,解释这部分人类什么是什么是染色体概率利用着一体化目的。GO和KEGG介绍证明了丁酸交通核心区人类什么是什么是染色体的关于路径和菌物学意义(图1C)。交通核心区人类什么是什么是染色体关键与类固醇抗生素回复、腐蚀物应激反應状态回复、催化活力氧癌细胞对类固醇抗生素多种多样的发应并且对含酸性催化物资的发应关以。由此可见所讲,这部分交通核心区人类什么是什么是染色体关键直接参与了腐蚀物应激反應状态和对催化活力氧的菌物发应工作,是肾结石造成制度中至关决定性的路径,这揭示丁酸概率在肾结石中利用决定性目的。

图1| 丁酸结构特征与靶基因组网格解析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进步骤探秘丁酸对CaOx肾结石真是切靶表观遗传,探索技术人借助GEO统计数据信息库对GSE73680中正常对比与CaOx肾结石用户的表观遗传差别做了探索。对比组与CaOx结石用户的不错能力差别理解表观遗传(DEGs)挑选条件为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共挑选到3783个表观遗传再次发生不错转变 ,其中的3379个(89.4%)表观遗传理解上浮,404个(10.6%)表观遗传理解下跌(图2A)。对DEGs做聚类分析算法剖析,热图凸显了前10个被选中DEGs的二维层次分割聚类分析算法症状(图2B)。然后,探索技术人确认GeneCards统计数据信息库人工治理 签定了370个可能与CaOx肾结石对应内容的表观遗传,排行前20位的予测表观遗传极其对应内容性评价如下图2C如图所示。要素在于找寻到丁酸治疗方法CaOx肾结石的要素靶点,探索技术人将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石对应内容表观遗传治理 赢得好几回个Venn图。结果是,CYP2C9被确认为丁酸的影响CaOx肾结石的隐藏靶点(图2D)。显然,探索技术人还做了丁酸与CYP2C9的碳原子合作,CYP2C9的四个安基酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸充分的功效,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在根据wifi网络药学学预计CYP2C9是丁酸的影响CaOx肾结石的靶DNA后,进行实验职工还用肿瘤细胞核进行实验印证了CYP2C9可大大减少草酸引导的HK-2肿瘤细胞核的ROS关卡、宫颈炎症损坏和凋亡。

图2| 许多据库联和阐述分折CYP2C9是丁酸的作用于CaOx肾结石的靶dna

理论研究导致

本研究分析前提是发掘丁酸在自身和自身均能阻止CaOx肾结石模板的钝化反应应激反应状态和真菌感染病变破损,随后不久进行数据手机网络药学学淘汰赢得丁酸影向CaOx肾结石的隐性靶点——CYP2C9,结尾进行组织科学实验核实CYP2C9在草酸盐分析的HK-2组织ROS关卡、真菌感染病变破损和凋亡。这种些发掘证实丁酸可能性进行阻止CYP2C9来阻止CaOx肾结石的钝化反应应激反应状态,得到缓解真菌感染病变破损。这种进程中拜谱怪物打造了数据手机网络药学学技术水平设备提供服务的,除此之外拜谱怪物可提高自己成熟稳重完整的什么是基因组学、蛋清质组学、基础代谢组学等多个学成品及技术水平设备提供服务的,诚邀详询咨询服务! 借鉴文献综述:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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