
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康过酸修饰语球蛋白组学产品,实现1000+什么难以理解的度淡化位点查出,动态平衡显现金典靶点,全座向生信阐述解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“发掘”到“效验”全流量服务保障,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、实践过程
02、实际资料
03、经“点”逆转
在监测的数据中,验出俩个期刊论文中有关资料的有趣靶点及衣康酸呈现位点,如首要个被看到的衣康酸共价呈现淀粉酶KEAP1,另外糖酵解通道中的3个重点酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,与炎性小体组成的淀粉酶NLRP3和人体细胞损伤步骤中的重点淀粉酶RIPK3等,其质谱图如下如下图所示图如下图所示。
04、产品设备特性
1.多种质控
商业性化特情人查重工具器孵育、SDS-PAGE查重工具、WB核验、样例有关系性介绍等一定要多位子位查重工具,为了确保创业项目结杲能信性。2.高效能质谱检测设备软件
在Orbitrap Astral全新一批高判定质谱仪金刚萨垛下,达成衣康硝化作用呈现位点及淀粉酶评定新深入,电子助力生物学研发发現。3.全流程步骤站台式精准服务
因为拜谱海洋生物建立完善的科学试验APP,可带来“血细胞致力于→检侧器孵育→WB检侧→艰深度衣康过酸掩盖检侧→专属于生信浅析→某个位点PRM检验”全注意事项服务管理,省时省时更放心。05、具体分析方式(大部分)
06、app方位
PART 2、论文分享和交流
参考文献一
英文翻译小标题:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
中文版小标题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
研究方案玩法:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
资料二
日文网站标题:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
简体中文问题:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
探析网站内容:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、典例诞生设想
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13具备极强的底物综合学习能力,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱生物工程衣康碱化体现组亲测数据表格中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康过酸掩盖(如下所示图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱工作小结
当作TCA配置中的里面分解分解基础代谢物,衣康酸调试分解分解基础代谢、免役检测和宫颈支原体感染之間的上下级响应,为根治免役检测宫颈支原体感染性病给出了代替根治攻略 。衣康酸架构中的亲电性α,β-不过剩羧酸架构能对血清质上的催化活性半胱氨酸残基实施烷基化装饰(迈克尔增益响应),这汉语翻译后装饰被誉为“衣康酸装饰(itaconation)”,继而直接影响血清质功用,政策调控免役检测回复和分解分解基础代谢经由,为不同病用药新产品研发给出新要点。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康硝化作用装饰淀粉酶组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物临床医学或然参考值靶向治疗代谢率组(QMT1000)或精力新陈基础代谢靶向治疗新陈基础代谢组设备对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
对比专著
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.