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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已体现出广泛的的动物活力性，具有抗良性肿瘤和身体毒帮助。大部分，三萜是顺利通过甲羟戊酸行业合并的，并从纯天然草木和细菌中领取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发过了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的设计论文题目。该设计看到三萜类氧化物野生灵芝粉酸（GA）是在介质锻炼的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物应用呈现的。采用转录组和蛋清质组学水平进三步探索性无柄虫草粉菌丝体中DHT呈现2种虫草粉酸（GA）的制度，并按照其几组学水平检侧到的差别人类基因和差别蛋清，预测未来DHT 怪物提炼 GA 的行业。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和功能模块区分

顺利通过对无柄虫草真菌感染菌丝体确定转录组测序共实现67230个转录本和14296个单DNA。在此类单DNA中，49两个被鉴定会为差距理解DNA（DEGs），在这当中的213个理解调整，279个理解再降（图1A）。GO含有介绍后，DEGs可分为生物制品全具体步骤（BP）、受损体细胞营养成分（CC）和大分子系统（MF）3类。在BP行业类型中，经常出现了前多个子行业类型：抗菌药转化分解全具体步骤，醋酸钠盐分解全具体步骤和甲酸盐分解全具体步骤;而在CC行业类型中，受损体细胞外区、突触符合体、突触设备构造是前多个亚类。我们对MF行业类型，甲酸脱氢酶（NAD）生物酶氧、防氧化恢复原酶生物酶氧和酸氨（或酰胺）链接酶生物酶氧是前多个亚行业类型（图1B）。在DEGs的KEGG表现表现径路介绍中，前30条含有度较高的表现表现径路中含27条归属于分解，在这当中的二氧化氮分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解表现表现表现径路不错含有（图1D）。

图1|转录成分析和能力归类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

根据对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体采取血清质组学探讨，加起来确立了16,457种特色肽、2606种血清质和2588种酶联免疫法血清质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的需求前提条件下，来到2606种血清质中，94种被亲子鉴定为差距体现血清（DEPs），当中的52种上涨，42种降低（图2A），图2C出现了差距体现血清的聚类数据表格分折法探讨热图。从GO探讨而言，BP品目出现，绝大部分数DEPs参予冰醋酸盐生殖神经组织消化吸收转化时、抗菌素拆分生殖神经组织消化吸收转化时和类药物拆分生殖神经组织消化吸收转化时。CC类DEPs在生殖神经组织外区、过阳极化合物酶体和微体中总额最好，阳极氧化的还原系统酶化学活化和甲酸脱氢酶（NAD）化学活化在MF类中DEPs的比列最好（图2B）。与转录组结论相类似，KEGG径路探讨出现，诸多DEPs在生殖神经组织消化吸收转化中丰度，当中的3条最丰度的路经是光合海洋怪物中的碳固追踪定的位置、碳生殖神经组织消化吸收转化和MAPK信息径路（图2D）。因此，根据探讨GO数据表格库的CC对DEPs采取亚生殖神经组织追踪定位探讨和参考文献标注（图2E），DEPs主耍地域分布在生殖神经组织质（40.66%）、生殖神经组织膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论研究上是GAs海洋怪物制作而成的主耍的位置。

图2|蛋清质组的参考值具体分析和功效验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物转变和比对组备选DEGs和DEPs做了维恩图，有20个差别展现表观遗传（图3A）。对转录组和蛋清酶质组中E组和C组共得的DEGs/DEPs做好聚类算法分折，察觉mRNA和蛋清酶质相互间有16个调整表观遗传和6个变动表观遗传，DEGs和她的译为的DEPs展现技术水平呈正关于内容，源于Pearson的关于内容因子分折，在转录组和蛋清酶质组相互间检侧到相对比较较高的关于内容性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）测量但是体现，E组和C组1两个DEGs的展示出标准差异化相关性，这其中9个为上涨DEGs，两个为下降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展示出趋向与转录多组分析但是同样。

图3|核胆固醇组的一定量分享和模块效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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